Токио – это микс материковой и островной территории. Первая расположена в Токийском заливе, на северо-западе, а вторая – в Тихом океане, к югу от самого большого острова японского архипелага – Хонсю; на крупных островах Идзу, Огасавара и множестве отдаленных островков.
Материковый Токио граничит с четырьмя префектурами: Тиба (на востоке), Яманаси (на западе), Канагава (на юге, Сайтама (на севере). Токио и сам является префектурой (столичным округом), а не городом в привычном понимании. Японскую столицу пересекают реки Аракава, Тама, Эдогава и Сумида.